Если в логи падает ошибка вида:

2016/03/11 11:54:28 [error] 8699#0: *4615315 client intended to send too large body: 1569729 bytes, client: xx.xx.xx.xx, server: example.com, request: "POST /upload/index.php HTTP/1.1", host: "example.com", referrer: "http://example.com/upload/"

То причина в превышении лимита размера тела запроса в Nginx, за этот лимит отвечает параметр client_max_body_size (по-умолчанию лимит равен 1m).

Чтобы увеличить этот лимит хотя бы до 50m, то открываем конфиг:

/etc/nginx/nginx.conf

И внутрь блока http{} (допустим, под: access_log) добавляем:

client_max_body_size 50m;

Перезапускаем Nginx:

/etc/init.d/nginx restart